Entre 1210 et 1792, date de l’invasion française de la Savoie, un prieuré existait à l'emplacement de l'église de Saint-Paul-en-Chablais.
Les premières mentions du prieuré et de ses occupants, des moines bénédictins, datent du 13ème siècle. La date de fondation n'est pas connue avec certitude. Toutefois, un acte daté de 1210 donne le nom du premier prieur connu : Pierre.
Ce prieuré dépendait du prieuré de Lutry (Suisse, canton de Vaud) qui lui-même dépendait de l’abbaye de Savigny (France, département du Rhône). Cinq moines et un prieur sont chargés de faire vivre les lieux.
Construit sur un crêt dominant le plateau et le Léman, le prieuré Saint-Paul était composé d’une église et de bâtiments conventuels. L’actuel édifice appelé « maison des Sœurs » semble en être un vestige. Des écrits anciens mentionnent un certain nombre de pièces : une pièce chauffée, des chambres, peut-être un cloître. Au nombre des dépendances du prieuré se trouvaient aussi des écuries (à l’emplacement de la mairie) et un grenier.
En grande partie disparu, il ne reste aujourd’hui que quelques vestiges médievaux de ce prieuré.
